Respondendo rapidamente à pergunta do título minha recomendação é utilize sempre a utf-8. A codificação charset isso-8859-1 não é mais atualizada desde 2004 e como é focada no alfabeto latino, só deve ser usada se o sistema for legado e usar essa codificação, caso contrario opte sempre pela utf-8.
Já a codificação charset utf-8 é mais recente e é recomendado pelo Consorcio W3C (World Wide Web Consortium), em 2012 o utf-8 já era usado por aproximadamente 60% de todos os sites segundo estatísticas do Google, hoje a estimativa é que 95% de todas as páginas utilizam o utf-8.
Você até pode utilizar as funções utf8_decode ou mb_convert_enconding para trabalhar com as duas codificações, mas via de regra o recomendável é trabalhar só com um tipo de codificação em seu projeto, preferindo sempre o utf-8. Não é possível renderizar os dois charset em uma página ao mesmo tempo.
Nos programas mais recentes ao salvar um arquivo em utf-8 você não terá nenhum problema, mas em alguns softwares mais antigos instalados no ambiente Windows você poderia se deparar com um caso inusitado que é chamado de arquivo utf-8 com BOM, que é um byte de ordenação no começo do arquivo, para que o script PHP funcione corretamente você precisa remove-lo. Caso tenha algum caso curioso para compartilhar ou alguma dúvida deixe um comentário nesse artigo.