Em algum momento pode ser interessante você compactar as pastas de projetos individualmente em arquivos separados, exemplo supondo que você possua uma pasta principal chamada projetos e dentro dele você tenha N pastas /projetoa outra pasta /projetob e assim sucessivamente.
Com um único comando em Linux você pode compactar todas as pastas dentro da pasta projetos para arquivos separados como projetoa.zip, projetob.zip e assim por diante.
Utilize o seguinte comando, você precisa ter o ZIP instalado na sua distro ou utilizar outra forma de compactação:
for i in */; do zip -r "${i%/}.zip" "$i"; done